Tras un paréntesis de siglos, en los años 20 y 30 se pusieron en marcha en Ceuta y en Melilla una serie de mezquitas informales de barrio, al ser más numerosos los fieles en esas poblaciones y necesitar organizar el culto colectivo, hasta la edificación en los años siguientes de mezquitas formales, aun sin marco jurídico, cuyas comunidades religiosas se inscribirían posteriormente, como fue en Ceuta la Comunidad Islámica Masyid Omar Ibn Abdul-Aziz, y en Melilla la Comunidad Islámica Mezquita El Mantelete.

Destacan también dos mezquitas construidas por el Estado, gestionadas por las comunidades religiosas inscritas posteriormente como Imam Malik de Ceuta (Mezquita Muley El Mehdi) y Consejo Religioso Musulmán de Melilla (Mezquita Central).

En otros lugares de España con población musulmana más dispersa, el grupo de cohesión era el universitario, pero jurídicamente solo se podían organizar en diversas asociaciones estudiantiles locales como las de Granada, Madrid, Oviedo, Valencia o Zaragoza, y la nacional Unión Estudiantil Musulmana de España.

En 1967 se promulga en España la primera ley que permite a los musulmanes organizarse en asociaciones confesionales, constituyéndose la Asociación Musulmana de España (AME), de ámbito nacional.

Tras la actual Constitución se promulga en 1980 la Ley Orgánica de Libertad Religiosa, ahora en vigor, y se constituye la Unión de Comunidades Islámicas de España (UCIDE) con sede en Madrid, creándose también la Federación Española de Entidades Religiosas Islámicas (FEERI), procediendo ambas, a constituir conjuntamente la Comisión Islámica de España (CIE). La UCIDE se integra en el Consejo Musulmán de Cooperación en Europa (CMCE), órgano representativo ante la Unión Europea.